تحقیق جزایربیماریزایی درباکتری های بیماریزا
مقدمه:
هریک ازباکتری های بیماریزا مکانیسم خاصی جهت ایجادبیماری دارند.فاکتورهای بیماریزایی توسط ژن های باکتریال ایجادمی شوند که ممکن است روی پلاسمید یاکروموزوم باشند.بسیاری ازاین ژن هاروی اپران های خاصی وجوددارند که ازژن های متعددی تشکیل شده که باهمکاری هم مکانیسم خاصی ازبیماریزایی راایجادمی کنند.به مجموعه این اپران ها “جزایربیماریزایی “[1] اطلاق می شود.
- PAI درواقع زیرگروهی از”جزایرژنومی” است که ترکیب وسازماندهی مشابهی بااین جزایردارد.براساس مدلی که پترسون وهمکارانش درسال 1998 ارائه دادند, سلول باکتری درابتدا بصورت انتقال افقی ژن بلوک هایی از ژن های بیگانه رادریافت کرده وبنام جزایر ژنومی خوانده می شود.سپس باکتری ژن هایی راکه باعث افزایش تناسب خود می شود راحفظ کرده ,ژن هایی که نقشی درتناسب وبقامیکروب ندارد رادرطول تکامل ازدست می دهدوبصورت جزایر تناسبی درمی آید.این جزایربراساس محیط زندگی باکتری اختصاصی شده وبه زیرگزوه هایی تقسیم می شوند.آن دسته ازجزایرتناسبی که به میکروارگانیسم کمک می کندتادرخارج ازبدن موجودزنده بقاداشته باشد” جزایراکولوژیکی” نامیده می شود.وآن دسته ازجزایرتناسبی که باعث بقا میکروب دربدن یک جانداربه عنوان ساپروفیت می شود ” جزایر ساپروفیتی ” خوانده می شود. اگرجزایرتناسبی باکتری, درمیزبان باقی مانده ومزایایی رابرای خودومیزبان فراهم کند ” جزایرهمزیستی ” است.ودرنهایت اگراین جزایرباعث ایجادبیماری درموجودکنند, یعنی به عنوان یک انگل عمل کنند” جزایر بیماریزا ” گفته می شود.
- دراواخر دهه 1980 جورج هکروهمکارانش دردانشگاه ورتزبورگ آلمان اولین مطالعه راروی PAI انجام دادند. این گروه مشغول بررسی اساس ژنتیکی UPEC سویه 536 و 96J بودند که رابطه ای بین محل استقرار ژنهای کدکننده فیمبریه p وهمولیزین با خود این دوشدند.قبلا” محل این دوژن وخاصیت بالای بیماریزایی آن تشریح شده بود اما هکر مشاهده کردکه باحذف وموتاسیون این ژن ها بیماریزایی باکتری ازدست می رود.بنابراین نام جزایر DNA بیماریزایی برروی این دسته از ژن ها گذاشته شدکه بعدهاباکشفیات جدیدوتعیین توالی کامل باکتری هابه جزایربیماریزایی تغییرنام داد.
- PAI نقش بسیارمهمی درویرولانس باکتری های بیماریزا درانسان, حیوانات وگیاهان ایفا می کند که درقسمت های بعدی به تفضیل بحث خواهدشد.
- PAI درطول تکامل ازاجدادمحیطی وغیربیماریزا بدست آمده است.
- کسب اطلاعات درباره ساختار مکانیسم انتقال PAI وفاکتورهایی که کدمی کنند کمک شایانی به درک بهترتکامل باکتری است.هم چنین رابطه پاتوژن باسلول میزبان یوکاریوتی راتعیین می کند.بوسیله PAI می توان سیستم های انتقالی وواکسیناسیون رابهبودبخشید وازهمه مهم تر ایجادراه کارهای جدید وموثری برای درمان عفونت های باکتریال است.
ساختار:
- PAI بیش از یک یادوژن بیماریزاراحمل می کند.عناصرژنومی بامشخصاتی شبیه به PAI ولی بدون ژن های بیماریزا جزایریا ژنوم های متابولیسم اند.
- PAI درژنوم باکتری های پاتوژن حضورداردامادرغیربیماریزاها حتی ازیک گونه هم حضورندارد.
- PAI نسبتا” فضای ژنومی بزرگی رااشغال می کند.بیشتر PAI ها در اندازه 20-10کیلو بازقراردارند.
- ترکیب بازی PAI ازژنوم هسته متفاوت است همینطور codon usage آن.ترکیب بازی به عنوان درصدی ازبازهای گوانین وسیتوزین درنظرگرفته می شود که درباکتری هابطورمعمول بین %75-25 است.امابیشترگونه های بیماریزا محتوای G+C شان بین %60-40 است.دلیل این تفاوت هنوزشناخته نشده است اما این تفاوت می تواند به عنوان یک شاخص شناسایی عمل کند.مشاهده شده که PAI افقی بدست آمده دریک باکتری دقیقا” ترکیب بازی گونه دهنده خودش رادارد به عبارت دیگردرطول تکامل ترکیب بازی DNA افقی بدست آمده دریک باکتری از یک گونه می تواندبه گونه دیگر منتقل شود که این حالت نظریه سیالیت یاناثباتی PAI راتاییدمی کند. topology DNA یا شکل فضایی DNA codon usage, فاکتورهایی محسوب می شوند که باعث حفظ حالت تفاوت ترکیب بازی PAI از سایرنقاط هسته می شود.
- PAI تقریبا”همیشه درنزدیکی ژن های tRNA قراردارد.درواقع لوکوس tRNA می تواندیک مکان پایداری خوبی برای ژن های PAI باشد.یک نظریه آن است که درانتقال افقی ژن قطعه DNA منتقل شونده حاوی ژن های tRNA باشدکه هردوباهم وارد ژنوم گیرنده شوند.نظریه دیگرآن است که باکتریوفاژهای بخصوصی ازژن های tRNA به عنوان نقاط اضافه شدن واضافه کردن DNA ازژنوم میزبان بهره می گیرند.
- PAI همیشه همراه عناصرژنتیکی سیار می باشد. PAI اغلب درکنار DR یاواحدهای تکراری مستقیم هستند. DR توالی های کاملا” تکراری هستند به اندازه 20-16 جفت باز (حداکثر130). DR ها مناطقی هستند برای آنزیم هایی که درگیربرش زدن عناصرژنتیکی اند.به همین دلیل می توانند باعث ناثباتی PAI ها شوند که اگردرطی این مکانیسم هایی که DR مسئول حذف PAI هستند حذف صورت بگیرد باعث کسر سایز ژنومی می شود که نتیجه آن سیکل تکثیر کوتاه شده که خودیک مزیت دررقابت با سایر باکتری هامحسوب می شود. PAI همچنین ژن های مخفی وسیاری مانند ترانسپوزون هاو اینتگریس ها راحمل می کند که دردسته ای ازباکتری هاپروتئین هایی راکدمی کندکه دربرش زنی وحذف PAI دخالت دارند. این ژن های سیارمی توانندموقعیت شان رادرطول کروموزوم تغییردهند وحتی ترانسپوزون هاقادرند ازموقعیت کروموزوم به پلاسمیدتغییرمکان دهند.IS یاعناصراضافه شونده نیزتقریبا” همیشه در PAI وجودداردکه می تواند باعث غیرفعال شدن ژن شودولی ترکیب دویاچند IS باعث جابجایی پروتئین هادر PAI می شود.
- اغلب PAI هابی ثباتند وبافراوانی های مشخصی حذف می شوند.عناصری مانند ترانسپوزون هاIS, واینتگرین ها باعث بی ثباتی PAI می شوند.جالب اینکه فاکتورهای ویرولانس توسط PAI هایی کدمی شودکه دارای ژن هایی بافراوانی بالای موتاسیون اند.
- PAI اغلب ساختارموزاییک مانندی رانشان می دهد.در PAI عناصرژنتیکی مختلفی وجوددارد که ازگیرنده های متفاوتی است که درطول تکامل ازچندین میزبان درچندین نقطه زمانی بطورمستقل بدست آمده است.این عناصردریک نقطه ازکروموزوم باکتری جمع می شوند بنام جزایربیماریزایی که منطقه ای محسوب می شودبرای ورود سایر عناصر.
ژنوم هسته دررابطه بامحتوای G+C codon usage, وغیره بسیارهموژن می باشد.درهسته مخزن ژنی قابل انعطافی وجوددارد که بوسیله عناصرژنتیکی سیارایجادمی شود.علیرغم اینکه بسیاری ازژن های مخزن ژنی انعطاف پذیر مزایای منتخب شان را به باکتری های دیگر می بخشند تعدادکمی ازDNA باکتری های خودخواه وجوددارند که تنهابه فکرانتشارخودهستند.این عناصربخشنده همان عناصر اضافه شوندهIS هستند و PAI قسمتی از مخزن ژنی انعطاف پذیر است.
تحقیق جزایربیماریزایی درباکتری های بیماریزا